微生物對反滲透膜的污染，重點還是在于預處理部分，常常都會采用的方法有：氯化法殺菌、藥劑殺菌、臭氧殺菌、紫外線殺菌。

1、氯化法殺菌

氯化處理要注意反應濃度與時間，一般時間控制在30分鐘左右，在使用氯、二氧化氯、次氯酸鈉處理時，對于聚酰胺反滲透膜是要采取脫氯處理，防止氧化反滲透膜元件。余氯可以通過活性炭去除掉。

注意：活性炭可以去除余氯，但是活性炭也是細菌繁殖的喜愛地帶，所以說對活性炭定期的滅菌處理也是很有用的。亞硫酸氫鈉不僅是常用的殺菌滅藻劑，同時亞硫酸氫鈉還是常用的還原劑可以去除余氯。 

2、臭氧殺菌

臭氧可具有強氧化作用是細菌的勁敵。但是臭氧在預處理中使用，要脫除臭氧本身，一般不建議在反滲透膜預處理中使用臭氧殺菌。

3、紫外線殺菌

紫外線也能有效的去除細菌，但是在預處理中，水質的濁度、色度、膠體以及有機物都會減弱殺菌滅藻劑的效果，所以在反滲透膜預處理中一般不適用紫外線殺菌。

4、殺菌消毒藥劑消毒

常用的反滲透殺菌劑，可以分為氧化性和非氧化性殺菌劑，亞硫酸氫鈉在預處理中也是較為常用的殺菌劑。

注意：應該定期的對反滲透系統殺菌，做好預防性殺菌，同時亞硫酸氫鈉殺菌劑也要短暫的加入，對于已經微生物污染的反滲透膜系統，停止運行進行殺菌。